Morcos Smeika Pacha a fondé le musée Copte en 1910 pour y exposer les monuments de cette période. Ces monuments permettront de tracer facilement les événements historiques du christianisme en Egypte.
L’Église Chrétienne, sous la présidence du Pape Kerolos V, décédé en 1927 et de son successeur Abbé Yuanis XIX, décédé en 1929, avait de bon gré offert le terrain pour la construction du musée, actuellement bien positionné dans un lieu hystorique dans l’enclos de la forteresse de Babylone datant de la période Romaine. 
Le musée, étendu sur une surface de 8000 m2, bâtiments et jardins inclus, a été rénové. Les deux annexes, les aîles anciens et modernes furent accessibles à la visite en 1984.
Les galleries sont pourvues de 16000 pièces environ disposées autant que possible suivant un ordre chronologique établi dans 12 sections différentes. L’étalage a été prévu conformément aux mesures scientifiques.
Le musée, actuellement sous la dépendance du Ministère de la Culture, était géré par le Patriarcat Copte jusqu’en 1931. La moyenne des visiteurs journaliers varie entre 200 à 250 visiteurs de nationalités defférentes.