L’histoire n’a jamais révélé ou discerné celui qui prêcha la nouvelle religion en Egypte. Certaines references nomment Saint Marc comme celui qui a repandu la religion en premier à Alexandrie où il construisit sa fameuse église.
Cette église devint le centre de formation de plusieurs écclésiastiques et les missionaires se repandirent dans toute l’Egypte durant la seconde moitié du 2ème sciècle sous la direction de Clément et Originus et le nombre de croyants augmenta.
Les Théologiens Chrétiens avaient fondé l’école Chrétienne qui s’élargit considérablement jusqu’à être considérée comme une univérsité chrétienne qui devint le centre d’études théologiques.
Malgré toute l’animosité des empereurs Romains, à nommer Septime Sevérius, 202 qui ordonna la clôture de l’église et l’éxpulsion de son doyen Clément, et les obstacles créés contre l’église, cette dérnière reussit à surmonter toutes les difficultés et regagner sa stature sous la direction d’Originus, disciple de Clément.

Les Chrétiens, vers la fin du 3ème sciècle ont souffert des tortures atroces tel que le cite le chronologiste Usepius, il mentionne qu’Alexandrie et le nord de l’Egypte ont subi des atrocités et les martyrs chrétiens ont augmanté en nombre sous le reigne de Dekledianos déclaré l’ennemie du Christianisme, Dekledianos avait gouverné en 284, année qui plus tard fut considérée comme début du calendrier Copte pour commémorer les pérsécutions, le reigne des martyrs fut ainsi marqué.
Cette sévère attitude contre les Chrétiens les força à mener une vie austère tendant au célibat et à fuir vers d’autres régions loin des villes. Ils s’isolèrent dans les déserts et les caves qu’ils gravèrent dans les montagnes pour pratiquer librement leur culte et rituel bannis en public jusqu’au reigne de Constantin, ce qui eut pour conséquence la formation du clergé. 
S’enrôler comme prêtres devint fréquent et les monastères furent édifiés.
Le decret issu par Constantin en 313 couronna les efforts des Chrétiens et fut considéré comme victoire et eventuellement sous le reigne de Théodore en 395, le Christianisme fut reconne comme religion officielle jusqu’en 641 suite à la conquête Arabe. Cette période est considérée comme période intérmédiaire entre la période Greco-Romaine et Islamique.