L’église Sainte Barbara est située à Misr El Kadima, haret St. Barbara sur une surface qui faisait partie de la forteresse Romaine. Elle fut construite sur le côté est de la forteresse probablement durant le 5ème sciècle et dédièe à Sainte Barbara renommée par sa beauté de jeune fille d’origine Asiatique née au début du 3ème sciècle.
Dephorus, son père était un riche païen et Origanos, l’Egyptien était son professeur. Convertie au Christianisme elle refusa le mariage et préféra se vouer entièrement à la nouvelle religion au service de Dieu. Son père essaya de la dissuader de force et la maltraîta sévèrement, plus décidée que jamais, elle s’obstina dans son attitude ce qui força son père à se plaindre au wali Romain, Markia qui la tortura férocement, son obstination pérsista ce qui a mené le wali à l’éxécuter avec son amie Sainte Juliana.
El Makrizi mentionne que l’église au 5ème sciècle située au sud d’El Fustat est un bâtiment renommé où les coptes célébraient leurs féstivités religieuses et commémoraient Sainte Barbara et les deux autres religieuses Issy et Tekla. Le Pape en personne offiçiait . On reconnaît un couvent bâti aux voisinages de l’église où les vièrges s’y refugiaient pour s’enrôler dans la voie des religieuses plus tard. 
Le ministre Yuhanna Ibn El Abah a renouvelé les deux églises Abou Sergua et Sainte Barbara presque démolie durant le reigne Fatimide au 10ème sciècle, l’église à nouveau fut affectée par l’incendie d’El Fustat.Le Comité de la Conservation de l’Art Arabe l’a renouvelée en 1897 ; de grands efforts furent manifestés pour faire remplacer les parties endomagées, conserver les parties intactes des murs et bâtir de nouveaux annexes, travail qui dura jusqu’en 1940. Les colonnes et leurs piedestraux furnt restaurés ainsi que les sections supérieures résérvées aux femmes sans négliger le baptistère et l’autel. Le Service des Antiquités s’occupa plus tard de restaurer les portes et les fenêtres et renouvela l’église.
Morcos Smeika Pacha avait découvert lors des restaurations une porte cachée entre deux murs dans la nef probablement bâtie pour la préserver contre tout attentat de déstruction ou d’abus durant les périodes de martyr et d’anarchie quand l’église était forçée d’utiliser les portes latérales et de fermer l’entrée principale.
Alfred Butler mentionne en 1882 des inscriptions marquées dans la section aménagée pour les femmes sur une corniche que le prêtre de l’église avait vendu à un Anglais. Butler mentionne aussi la découverte de peintures en stuc dessinées sur la paroi du mur sud du vestibule à dessins avec inscriptions Coptes d’une grande valeur historique et artistique. Monet de Filard confirme l’importance de ces fresques vue qu’elles révèlent des éléments chronologiques significatifs, les années 840 et 874 du calendrier des martyrs équivalent aux années 1124 et 1158.
Butler a découvert en 1884, durant sa seconde visite à l’église, la démolition de ces fresques.
Des cimetières que Butler avait visité en 1881, sont situés dérrière l’église. Sa structure se compose d’une nef plafonnée avec deux aîles surmontées d’un plafond en bois. La nef renferme un ambon et le chancel central entouré d’un écran en bois. Un dôme en bois couvre l’autel en marbre. Deux chancels latéraux entourent le chancel central. Le chancel nord mène à une église plus petite dédièe à Saint Abakir et Yuhanna.
Les monuments de l’église furent transportés au musée Copte dont la porte en bois datant des débuts du christianisme, des colonnes et des piliers en pierre semblables à ceux d’Ahnasia, Saqqara et Bawiti ainsi qu’un écran rare en bois datant de la période Fatimide avec quelques portes en bois très joliement travaillées et incrustées d’ivoire probablement datant du 17ème sciècle et un carte géographique sur textile datant de l’année 1528 des martyrs/ 1812.