Fondée en 1910, cette section est actuellement en réstauration.
Les deux étages du bâtiment comprennent 14 salles étalant des objets variés exposés comme suit:

Des stèles en calcaire à inscriptions religieuses Coptes au premier étage qui comprend aussi la librairie principale du musée et ses manuscrits. 

L’étage supérieur comprend:
Les sections fresques, bois et glasse.

Ce nouveau bâtiment, inauguré le 20 Février 1947, couvre une surface de 1204m2 et se compose de deux étages:
Les deux premières salles des neuf salles du premier étage étalent des statues en calcaire qui représentent une transition entre le paganisme et le christianisme, quant aux sept autres, elles présentent aux visiteurs des couronnes, des stèles et des peintures en fresque.

Les huit salles de l’étage supérieur sont réparties comme suit:

1- Section des manuscrits.

Cette salle comprend 700 livres d’une moyenne de 40 à 150 pages chacun et 1000 documents en parchemin et tissu. La librairie offre aux visiteurs 578 parchemins. Le plus ancien des manuscrits est en langue Grecque et est muni d’une traduction en langue Copte. La collection de manuscrits la plus large est en langue Copte. Cette section comprend des documents en langue Copte avec traduction en langue Arabe.

2- Section de la tapisserie
3- Section des icônes
4- Section de l’ivoire et des os
5- Section des métaux

La librairie se compose de deux sections, celle des livres 7000 environ et celle des manuscrits.
Le departement de la restauration s’occupe de restaurer les objets en exposition dans le musée.